哥斯拉掉入三原山之后，日本过了5年平安的日子，但是自卫队为了以防万一，打算以哥斯拉的细胞为成分制造对抗哥斯拉的武器quot;抗核细菌quot;(ANB)，以及将之前与哥斯拉对战时被摧毁的超级武器quot;SuperXquot;改造成为quot;SuperX2quot;，此时哥斯拉在三原山里居然又开始活动，使得日本关东地区地震不断，并且使得白神博士将自己女儿细胞跟玫瑰细胞混合的植物死亡，于是白神博士便加入ANB计划，同时他将哥斯拉细胞与女儿细胞跟玫瑰细胞混合的植物结合制造了不死植物碧奥兰蒂，但是在一次的事件当中碧奥兰蒂被释放出来并且在芦之湖巨大化。此时三原山爆震，哥斯拉再度出现，自卫队无法阻挡哥斯拉往东京方向移动，后来出动了quot;SuperX2quot;使哥斯拉改变移动方向，但是在哥斯拉不间断的攻击之下quot;SuperX2也败下阵来，但是没有想到哥斯拉此时却朝着碧奥兰蒂的所在地移动.....冲着标题去看的，没想到被标题党了。原本满心欢喜的期待一场哥斯拉的互殴，没想到看到了一个逻辑剧情都说不太过去的哥斯拉大战魔花。敢情碧奥兰蒂就是真假哥斯拉当中的假哥斯拉。。。本片最大的一个问题是布局了太多的利益主体：主角博士、美国公司、中东地区政府，日本的政府军方、日本国内生物基金会，还有能跟哥斯拉以及花朵对话的美少女。所有的利益主体线索之间没有太多的交叉，所以导致本片大多数时间，都在自说自话，尤其影片的前半部分，没有一个清楚的逻辑线条。包括主角博士、美国公司、中东政府，他们的意图目标都很模糊，虽然一群人都在争抢哥斯拉样本组织，但是为什么争取的原因却没有很明确。最搞笑的是美国公司，既然能够通过外交途径试压，那么为什么一开始还要派遣间谍搞一些上不得台面的事情呢。。。而哥斯拉就在这种混乱的剧情布局，以及人类相互争斗的偶发性乌龙中，匆匆登场了。一般来说，哥斯拉醒来一定会有一个比较强的目的性，或者是为了打倒基多拉，或者是为了什么什么其他的怪兽。但是这次的哥斯拉却缺少一个十分明确的目标。所以本片的哥斯拉在吃饭（取道名古屋）还是大战碧奥兰蒂这两样选择上含混不清。一开始哥斯拉醒来后向着日本本土进发，然后